Η «Νίκη Πολυγύρου», το ιστορικότερο σωματείο της Χαλκιδικής, ιδρύθηκε το 1950 από τους αείμνηστους Γιώργο Μυλωνά, Δημήτρη Χατζηχρήστο, Τάκη Παλαμίδα, Νίκο Κορέντη και Μιχάλη Βογιατζή, που με μεγάλη όρεξη και μεράκι ανέπτυξαν το αθλητικό ιδεώδες της πόλης μας. Τα χρώματα της ομάδας από την ίδρυσή της μέχρι και σήμερα είναι το πράσινο και το άσπρο.

Την πρώτη δεκαετία τους ανεπίσημους αγώνες της, τους έδινε στο παλιό γήπεδο όπου σήμερα στεγάζεται η Α.Τ.Ε. Πολυγύρου. Στη συνέχεια μετακόμισε στο παλιό γήπεδο όπου σήμερα βρίσκεται το σημερινό, κατασκευασμένο το 1967. Συγκεκριμένα πρίν από 40 χρόνια, με χρηματοδότηση του συμπατριώτη μας Κωνσταντίνου Ασλανίδη, τέως Γενικού Γραμματέα Αθλητισμού, κατασκευάστηκε το Εθνικό Στάδιο Πολυγύρου, χωρητικότητας 3.500 θέσεων καθήμενων θεατών. Τα μεγαλοπρεπή εγκαίνια του σταδίου έγιναν στις 29 Ιουνίου 1969 με πλήθος κόσμου από όλη τη Χαλκιδική, την παρέλαση 36 αθλητικών σωματείων του Νομού και την διεξαγωγή του φιλικού αγώνα Νίκη – Άρης.

Το 1998, το στάδιο αποκτάει για πρώτη φορά χλοοτάπητα, το 2004 ταρτάν, ενώ το καλοκαίρι του 2007 έγινε ριζική ανακαίνιση των χώρων αποδυτηρίων.

Στην 63χρονη ιστορία της, η Νίκη Πολυγύρου, κατέκτησε πολλούς τίτλους, η μεγαλύτερη όμως επιτυχία καταγράφηκε την περίοδο 1973-1974 όταν συμμετείχε αξιοπρεπώς στην Β” Εθνική με σημαντικές επιτυχίες. Με το «Κύπελλο Ήθους» έχει βραβευθεί αρκετές φορές από την Ε.Π.Σ.Χαλκιδικής ενώ παραμένει η μοναδική ομάδα του Νομού που δεν έχει τιμωρία της έδρας της λόγω πρόκλησης επεισοδίων ή βίαιων ενεργειών των φιλάθλων της.

Τις δεκαετίες του 60′ και του 70′ όταν γνώρισε τις μεγαλύτερες δόξες της, ανέδειξε αρκετούς αξιόλογους ποδοσφαιριστές (Δημήτρη Κωνσταντινίδη, Πέτρο Καπλάνη, Νίκο Λευκαδίτη, Θεόφιλο Κορέντη, Γιώργο Καρρά, Νίκο Ψαρρά, Κώστα Ιατρού, Δημήτρη Ζούνη, Θεόδωρο Κούφατζη κ.α.) με σημαντικότερο τον τέως διεθνή τερματοφύλακα Λάκη Στεργιούδα, που έκανε από το 1972 μεγάλη καριέρα στην Α.Ε.Κ. και τον Π.Α.Ο.Κ.

Από το 1950 έως το 1967 στα διάφορα ανεπίσημα πρωταθλήματα και φιλικά παιχνίδια έδωσε με τις λιγοστές ομάδες του Νομού και με πολλές ιστορικές ομάδες της Θεσσαλονίκης (Π.Α.Ο.Κ. 2-4, Άρη 2-3 και 0-4, Ηρακλή 1-3, Απόλλωνα Καλαμαριάς 2-3, Μακεδονικό 0-2, Θερμαϊκό, Μ.Αλέξανδρο, Νεάπολη, Μελιτέα, Π.Α.Ο.Δ., Εθνικό Πυλαίας, Αχιλλέα Τριανδρίας κλπ.) πολλούς σημαντικούς αγώνες.

Το 1964, με την συμμετοχή μόλις 5 ομάδων (Νίκη Πολυγύρου, Π.Ο.Μουδανιών, Άρη Παλαιοχωρίου, Απόλλωνα Αρναίας, Δόξα Ορμύλιας) κατακτά για δεύτερη σερί χρονιά αήττητη το πρωτάθλημα που διοργανώνει στη Χαλκιδική η ένωση Μακεδονίας, ενώ το 1968 που διοργανώθηκε το πρώτο επίσημο πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ.Χαλκιδικής, κατακτά και πάλι τον τίτλο μαζί με το Κύπελλο Ήθους. Η μεγαλύτερη επιτυχία της σημειώθηκε στις 17 Ιουνίου 1973 όταν μετά από 22 αγώνες στο τοπικό και 8 στο ειδικό πρωτάθλημα, κέρδισε στο κατάμεστο Στάδιο Πολυγύρου την πρωταθλήτρια Ε.Π.Σ.Μακεδονίας, Α.Π.Ε. Λαγκαδά, 2-0 και ανήλθε αήττητη στην Β” Εθνική. Στην πρώτη και τελευταία συμμετοχή της στον μαραθώνιο της Β” Εθνικής, πέτυχε αρκετές ιστορικές νίκες (με την πρωταθλήτρια Καστοριά 2-1, Ξάνθη 1-0, Εδεσσαϊκό 2-1, Νίκη Βόλου 2-1, Αλεξανδρούπολη 3-0, Πανθρακικό 1-0, Π.Ο.Μουδανιών 1-2 και 2-1 και μερικές τιμητικές ισοπαλίες (Βέροια 2-2, Μακεδονικό 0-0, Επανωμή 0-0, Πανδραμαϊκό 0-0, Αλεξανδρούπολη 2-2, Κιλκισιακό 0-0, Αλμωπό Αριδαίας 1-1, Νέστο Χρυσούπολης 1-1).

Το 1975 μετά από τον υποβιβασμό της από την Β” Εθνική, στέφθηκε για 5η φορά πρωταθλήτρια Χαλκιδικής ενώ το 1976 πήρε το πρώτο της κύπελλο απέναντι στην Προποντίδα Νέου Μαρμαρά (2-1) στο στάδιο των Νέων Μουδανιών. Στο κύπελλο ερασιτεχνών, με την πρόκρισή της στα προημιτελικά σε βάρος του Ολυμπιακού Λουτρακίου έφτασε μέχρι τους 4 όταν και αποκλείστηκε από τον τελικό στην Νέα Ιωνία από την Νίκη Βόλου (3-0).

Το 1980, μετά την κατάκτηση του 6ου πρωταθλήματος, στον αγώνα μπαράζ του Σταδίου Μουδανιών απέναντι στον Π.Ο Νέας Καλλικράτειας (3-1), ανήλθε στην Εθνική Ερασιτεχνική, ενώ 3 χρόνια αργότερα σε έναν συγκλονιστικό τελικό κυπέλλου στο ίδιο γήπεδο και με τον ίδιο αντίπαλο, πήρε το δέυτερό της κύπελλο με (1-1) στον κανονικό αγώνα και (8-7) στα πέναλτυ.

Το 1984, μετά από 23 αγώνες αήττητη, κέρδισε εκ νέου τον πρωταθλητή του νοτίου ομίλου Π.Ο. Νέας Καλλικράτειας (1-0) και στέφθηκε για 6η φορά πρωταθλήτρια εκπροσωπώντας τον Νομό για δέυτερη φορά στην Εθνική Ερασιτεχνική.

Το 2005, μετά από προσπάθειες μιάς εικοσαετίας, κατέκτησε για 8η φορά τον τίτλο, συμμετέχοντας στη συνέχεια, στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα (Δ” Εθνική).

Το 2006, αν και νεοφώτιστη, τερμάτισε στην 3η θέση, ενώ κέρδισε και το 3ο της κύπελλο στο Στάδιο Ορμύλιας επί της Δόξας Καλυβών (3-0).

Την σεζόν 2006-2007 τερμάτισε 5η στην Δ” Εθνική, ενώ στον τελικό της Αρναίας πανηγύρισε την 4η κατάκτηση κυπέλλου.

Την σεζόν 2007-2008, η ομάδα τερμάτησε 2η στην Δ” Εθνική, τρείς μόλις βαθμούς πίσω από τον Μακεδονικό, ενώ βρέθηκε πρωτοπόρα για μεγάλο χρονικό διάστημα και αξιώθηκε τον άτυπο τίτλο του «Πρωταθλητή Χειμώνα». Στον τελικό Κυπέλλου που έγινε και πάλι στο γήπεδο της Αρναίας, πανηγύρισε την 5η κατάκτηση Κυπέλλου της Ε.Π.Σ.Χαλκιδικής (και την 3η συνεχόμενη), νικώντας την Άκραθο Ιερισσού με σκορ 4-0.

Κορυφαία όμως στιγμή της σεζόν, ήταν η πρόκριση στον τελικό του Κυπέλλου Ερασιτεχνών Ελλάδος, όπου ηττήθηκε από τον Παναργειακό με 3-0, στο Στάδιο της Λαμίας. Στην πορεία της προς τον τελικό, η Νίκη ακολούθησε μία ξέφρενη πορεία και επικράτησε διαδοχικά των Π.Α.Σ. Φλώρινας (3-0), Εδεσσαϊκού (1-0), Νάουσας (3-0), Μεγ.Αλεξάνδρου Ιάσμου (0-1) και Αστέρα Ιτέας (2-1)